素人の質問で恐縮です。

現在、当団体の各事業が収支相償であるかについて、今年度末の見込みの正味財産増減計算書を元に決算ベースでチェックをかけているところです。複数ある事業のうち一つの事業だけが、第一段階で経常増減額が大きくプラスとなり、団体全体でもプラスになります。

当団体では、損益に表れない部分で、退職手当引当資産の積立を別途行なっております。（実態としては、固定負債の退職手当引当金（期末要必要額）の１割程度しか積み立てておりません。）

第ニ段階の特定費用準備資金の活用が現在想定していませんので、「剰余金の取扱い」の空欄で、「退職給付資産の未積立分の一部に充当するため○○○○万円を積み立てた。」と
記載し、当該事業の収支相償をクリアしたいと考えております。

この方法で収支相償はクリアできますのでしょうか。
例えば、全額は無理としても当期積立額－当期発生分（退職給付費用計上分）を差し引いた分だけでも認められないのでしょうか。

以上、ご見解の程宜しくお願い致します。

ぴょんた様　8665に対するコメントです。

収支相償をクリアしているかどうかは、原則として単年度にて判定されます（第１段階にては、ある年たまたま黒字になっても中長期では赤字だということであればクリアしていると認められることがあります。第２段階の黒字は収益事業等の利益額の50％繰入れのケースでは公益目的のための資産の購入等の理由があれば認められることがあります）。
私は会計にはくわしくありませんが、過年度の積立不足の解消のための支出は原則として経常費用にならないように思いますので、この方法で第１段階の収支相償をクリアするのは難しいのではないでしょうか。
また、新規の負担分、「当期積立額－当期発生分（退職給付費用計上分）」については第１段階の経常費用になりえますが、その全額を恣意的に特定事業の費用にすることはできず、人件費の配賦として合理的な基準で配賦された金額に限られます。
顧問の会計士・税理士の先生がおられますときは、平成20年度基準による会計処理を行なったときにどうなるのかについて確認いただくことをお勧めします。この会計基準によって算定されるトータルの経常費用を、ガイドラインの定めるところに従って公益法人会計、収益事業等会計、法人会計に配賦し、さらに各事業ごとに配賦することになります。この結果第１段階で収支相償になっていなければ、それが一過性の現象でない限り、公益目的事業にはなりません。

岡部様　早速のご回答ありがとうございます。

退職給付引当資産につきましては、引当金の発生額を超えた
部分を収支上の事業活動収支差額の残余を充当し、当期発生額に積立不足分（収益が不足していた関係から、負債に見合ったキャッシュを積めていなかった分）をＯＮして、投資活動支出として積立てを行ない、収支均衡の予算を組んでおります。（流動資産→特定資産）

よって、正味財産増減計算書の表に当て込むとどうしても退職給付費用や減価償却費を差し引いてたとしても剰余分として出てきてしまいます。

おそらく、それが経常増減額がプラスになっている一要因なのかなと思いましたので、経常費用に含まれている当期発生分を控除した残りの分を「剰余金の取扱い」の理屈にできないかと思った次第です。

また、これに関連しての立て続けの質問になりますが、よろしいでしょうか。

上記と同じ考え方で、投資活動支出として、

・減価償却引当資産の積立（流動資産→特定資産）
（全額OKか？当期発生額控除後の額ならOKか？）
・固定資産取得の費用（流動資産→固定資産）

を予算計上しておりますが、これも同じ「剰余金の取扱い」の理屈として使えるのでしょうか。

ご見解の程、宜しくお願い致します。

公益認定を目指している財団法人です。
できれば公益目的事業１本で申請したいと思っていますが、役員会では複数の公益目的事業や収益事業もありか、等々なかなか議論がつきません。

そこで質問です。
「公益目的事業一つで申請する場合、つまり公－１のみでも、別表Ｇ表で共通の項を利用できるか？」です。

当方は全体の事業規模に比べ、比較的基本財産運用収益が大きく、２０年度で収益全体の30％を超えています。
したがって運用収益の結果が経常損益の判定にかなり影響し、公－１だけの場合では運用成績が良かったために収支相償に抵触し、稼ぎすぎの烙印を押されかねません。
もしこの場合でも、「共通」に運用収益を計上できれば、問題がありません。
いかがでしょうか。

疑問ばかり様　8720に対するコメントです。

「公益目的事業一つで申請する場合、つまり公－１のみの場合」の収支相償は「第1段階を省略して、第2段階のみで判断します。」ということになります（FAQ問Ⅴー２－④）。従って第1段階における収支相償が（仮に計算したとして）、「基本財産の運用成績が良かったために収支相償に抵触し、稼ぎすぎの烙印を押されかねません。」ということであっても、問題にはなりません。
第2段階の黒字については、次年度移行の料金引き下げ等の合理的な対応策を末尾の説明欄に示すことにより認定を受けられる道があります。

初歩的な質問で恐縮です。

①収支相償の判定で、第一段階において収入が費用を上回っていても剰余金の扱いの欄に理由と計画を記載すればいいということのようですが、ガイドラインでは、「収入が費用を上回る場合には、当該事業に係る特定費用準備資金への積立て額として整理する。」と記載されていて、あたかも、収入－費用の額が自動的に特定費用準備資金になるような感じに見えますが、あくまでも、特定費用準備資金は別表C（5）を作成するのですから、きちんとした事業計画が必要ということですよね？

②ですから、きちんとした事業計画がなければ、資産取得に充てるなどの理由により、剰余金を翌期以降で減らす必要があるのだと思うのですが、何年間くらいで0円以下にしなくてはならないのでしょうか？
また、剰余金の扱いに「資産取得に充てる」などと記載して認定を受けた場合、その後の事業年度で実際資産取得が行われたか確認されるのでしょうか？

自分でいろいろ調べてみたのですが、暗い闇に迷い込んだように訳がわからなくなってきました。
お忙しいところ申し訳ありませんが、ご教示いただけますよう、よろしくお願いいたします。

セミナー等でいつもお世話になっております。認識が浅く初歩的な質問で恐縮ですが、よろしくお願いします。弊財団は事業内容から公益一本、公１と法人会計の区分のみで申請を行うことを考えています。実体的には、例年、公益事業に不可欠な資産取得に多額の資金を要し、ある程度の固定資産取得資金を確保しつつ、事業を継続しています。そのため、第２段階で事業収支をとりますと、収支相償は黒字となるため、資産取得資金のシートで、毎年計画的な支出があることで資金使途を説明するつもりでございます。そこで、経常費用は、可能な範囲で公１へ振替えるとして、寄付金収入や事業外収入は法人会計の収益として認識することは可能でしょうか。また、このような公益一本と法人会計の区分での申請は手続き上無理はないのでしょうか、ご指導いただけますと幸いに存じます。

にんていさん、８９５９に答えします。

第１段階では、申請の手引きにあるように、「プラスの事業がある場合、発生理由とこれを解消するための計画等を記入してください」ということで、必ずしも特定費用準備資金を利用しなくても、収支相償と判定されます。通常は翌年度または遅くとも翌々年度に公益目的事業に使用する計画を記載すればよいと考えます。仮に、あまりにもその剰余金が膨大で翌・翌々年度使用が説明つかない場合は、特定費用準備資金の積み立てを利用することとなります。
特定費用準備資金を使う場合は、もちろんその要件にあったものとしなくてはなりません。
なお、第１段階での剰余金の公益目的資産取得はみなし費用とは認められていません。第２段階における剰余金は、一定の限度で公益資産取得や積み立てがが認められています。
資産取得については、定期提出書類である貸借対照表や財産目録により当然チェックされるものと思います。

tomiさん、8973は「１４会計・経理に関する事項」に転載しお答えします。

太田様

お忙しいところ、ご回答ありがとうございました。
第一段階では資産取得がみなし費用にならない、というのは気づいてませんでした。
ご指摘ありがとうございました。
また、このQ＆Aでいろいろ勉強させていただいて、なんとか認定へ漕ぎ着けたいと思います。

８６８３の「ぴょんたさんから岡部様へのコメント」に対するコメントです。横レスの無礼をお許しください。

--＜引用開始＞----------------------------------
負債に見合ったキャッシュを積めていなかった分）をＯＮして、投資活動支出として積立てを行ない、収支均衡の予算を組んでおります。（流動資産→特定資産）
よって、正味財産増減計算書の表に当て込むとどうしても退職給付費用や減価償却費を差し引いてたとしても剰余分として出てきてしまいます。
--＜引用終わり＞--------------------------------

ぴょんたさんが、投資活動支出で計画されている退職給付債務見合いの特定資産ですが、会計仕訳としては、特定資産／現金預金　であり、損益ベースの正味財産増減計算書には現預金の取り崩しは反映されず、剰余は出てこないのではないでしょうか。従って収支相償の第１段階もこの部分に関しては問題ないのではないでしょうか。

当方は公益を目指す財団法人の新米担当者です。退職給付債務は退職給付引当金を大きく超えており、あと12年ほどかけてこの会計上の未認識部分を費用認識していく予定ですが、これとは別に、ぴょんたさんと同じように、引当金を超える特定資産（＝退職給付債務と同額まで）を一気に積めないか検討しているところです。企業会計にはない、せっかくの不思議な特定資産ですから。遊休資産にもしたくないし、働く者にとっても少しは安心ですから（内部積立には違いないですが・・）。

特定費用準備資金についてお尋ねします。
私どもの団体はAとB、２つの公益事業がありますが、A事業は受託事業で毎年一定の収入があり、収支相償ライン上を上下しておりますが、B事業は、A事業を効率よく実施するための独自調査研究事業で、特定の収入(財源）がなく、A事業の収支に余裕があるときにしか実施できません。そのため、余裕の有無が判明するのが下半期以降となることから十分な研究期間が確保できず苦慮しております。
そこで、前年度の剰余金を調査研究のための特定費用準備資金に繰り入れ、当年度初めに調査研究のための費用として特定資金から繰り出す、つまり予算化が可能となれば安定した研究事業が可能になると考えます。
そして、A事業に剰余金があればその都度特定資金の補充を行う、当然積立額の上限も設けますが、調査研究が今以上にスムーズに継続できるものと考えます。
ただ、税務上の縛りで、５年くらいの間で使い切らなければならない資金というものなのでしょうか。そうしますと、　５周年記念事業研究、次は１０周年記念事業研究と区切ってつなげていくしかないのでしょうか。ご教示願います。

西村さん、
１　厳密に言うと第1段階での剰余金は当該事業に係わる特定費用準備資金とするか、翌年度(遅くとも翌々年度まで）に当該事業に使用することが求められています。したがって、A事業で剰余金が出た場合、これをB事業に充てることは原則的には認められません。ただし、B事業は赤字事業であり、A事業で黒字が出ればその黒字を使って事業をするということはよくありうることであり、説明如何によっては個別事情として認められうる場合もあるのではないかと思います。
２　なお、特定費用準備資金というのは5年ぐらいで使い切らなくてはならないというものではありません。あくまでも将来の活動計画が具体的にある場合、10年でも認められうるものと思います。

いつもお世話になっております。
「公益目的事業対価収入」についてお尋ねします。
　公益目的事業しか行っていない法人では、公益目的事業の対価収入を管理費用・法人会計に必要な範囲で割り振ることが可能とのことでありますが、私どもの団体では、収益事業もやっておりまして、その事業収益(剰余）は管理費への　事業比率による割り振り分程度でありまして、そのため、　団体全体の管理費はカバーできない状況であり、公益目的　事業収入の方からも按分による負担をしております。　　　　そのため、公益目的事業以外の事業を実施している場合においても、公益目的事業対価収入が認められないと管理費の財源が手当できなくなる恐れが生じますが、どのように考えればいいのか、ご教示を願います。

西村さま、大変遅くなりましたが、9241にお答えします。
結論的には、現行の法令及びガイドラインを前提とする限り、収益事業を実施している場合、法人会計に公益目的事業対価を直接繰り入れることは認められていないと解釈せざるを得ません。
それでは会費や寄付金のない法人はいったいどこから法人会計の費用を捻出したらよいのかというご疑問は当然です。
この問題については、公法協では別途解決策を考えて見たいと思っています。

大田理事長様ありがとうございました。

毎年、法人全体で利益が出ます。
その結果、第2段階（法人全体）の収支相償はプラスです。（50％ジャスト繰入の場合）
しかし、ガイドラインに
「その剰余金を公益資産取得資金や公益目的保有財産の取得に充てたり・・・」で基準は満たすものと取り扱われます。とあるので、
①当年の公益目的の固定資産の購入実績があれば良い。
②それで足りなければ当年の公益資産取得資金に繰入れれば良い。
という考え方でよいのでしょうか？
また、毎年この考え方が使えるなら、そもそも収支相償していないともいえるのですが、どう思われますか？

つばさ様　9388に対するコメントです。

収支相償の第２段階がプラスの場合、ご指摘のように、ガイドラインに「その剰余金を、公益目的保有財産に係る資産取得、改良に充てりための資金に繰入れたり、登記の公益目的保有財産の取得に充てたりする場合には、本基準は満たされているものとして扱う。」とあるので、
①当年の公益目的の固定資産の購入実績があれば良い。
②それで足りなければ当年の公益資産取得資金に繰入れれば良い。
という考え方でよいということになります。
毎年この考え方が使えるなら、そもそも収支相償していないともいえるという点については、個人的には、①についていえば無駄なものを買うのでない限り、その資産の活用を通じて公益目的事業が拡大していくのでよいのではないか、②については、単なる名目に過ぎないときは認められないのは当然ですが、明確な使用計画のもとに規則で定められた要件を順守しつつ積み立てる公益目的財産の取得のための資産取得資金であれば、いずれ公益目的事業の拡大に寄与することが明らかですのでよいのではないか、と考えております。

無目的に単に資産を増やす結果にしかなっていない実態にあるときは収支相償の基準を順守しているとは認められないのではないのでしょうか。

当財団は、公益目的事業の一つとして、地方公共団体からの補助金を受け、低廉賃料を設定した賃貸施設の提供を行っています。
その施設の建設財源は１００％金融機関からの借入金で、その償還期間は２０年です。また、施設の償却耐用年数は５０年となっております。
単純に考えると、建設時点では、貸借対照表上での資産（建物評価額）と負債（長期借入金）を同額となり、正味財産は０円になるのですが、次年度から、償還終了の２０年間は当該年度における長期借入金償還額と建物減価償却額の差額分が、正味財産増減計算書でプラスとなり、それ以降は、マイナスに転じることとなります。
このように単年度では、収支相償が実現されることはありません。
長期的スパンで説明することにより、第三者委員会に納得していただけるでしょうか？

収支相償？様　　9474に対するコメントです。

この問題は悩ましい問題の１つです。ご存知のとおり収支相償の第２段階の剰余金で「資産取得資金」を積み立てることは認められておりますが、借入金の返済はみなし費用と認める等の特段の救済措置は講じられておりません。貴法人の事例のように公益目的事業の用に供する資金の返済については何らかの考慮をしていただきたいところです。
何らかの考慮がされるとしても、当然その要件は厳格で（資産取得資金の要件も厳格です）、ひもつきプロジェクト資金であること、返済期間が金融マーケットの状況に照らし合理的なものであること等の条件がつくかと思われます。
この問題については当協会でも検討中です。何らかの意見がまとまれば公表されることになりますので、先のことになるかもしれませんが、当協会のホームページに気をつけていただけますでしょうか。

はじめまして、こんにちは。

公益法人化を目指していますが、
収支相償でつまづいています。

資金ショートが怖いし、
職員も歳を重ねるにつれて給料を上げていかないと家族を養っていけないしで、内部留保は必要です。

・資金ショートに備えて
・将来の人件費高騰による手当のため

収支相償の考え方から言うと、短期的な解消に当たらないとしてはねられそうですが、現実的にはどうやって対処していけばよいのでしょうか。

いまさらですが、9071について。

事業AとBは公益１にまとめられないのでしょうか。
１つの公益事業の中では資金の融通が利くかと思います。

かけ離れ過ぎた事業だとまとめられないでしょうけど。

内部留保様　9585に対するコメントです。

事業AとBを「公益１」にまとめるためには、ひとくくりにできるという合理的な説明が求められます。恣意的にくくれるわけではありません。例えば老人ホーム事業と素粒子論に対する研究助成事業とは、私の常識では、くくれそうにもありません。
このくくり方が妥当かどうかは常識の問題になりますので、最終的には認定等委員会（審議会）の先生方のご判断ということになります。。

内部留保様　9584に対するコメントです。

２つのご質問はやや性格が異なるように思います。
①資金ショートに備えて
⇒公益法人は流動資産を０にしなければならないというわけではなく、前年度の公益目的事業の費用の実績額までは、翌年度において「遊休財産額」として保有できます（認定法第１６条）。これでは間に合わないのでしょうか。
②将来の人件費高騰による手当のため
⇒悩ましい問題です。公益目的事業会計の中での対応は難しそうです（現段階の解釈では第２段階の余剰金にて公益目的事業のための資産をやや先買いしておく程度の対応になります。この点については当協会内部でも検討中です。ポイントシリーズで回答できるかもしれません）。
社団法人の場合は会費のうち法人会計に回す割合を高める等、財団法人であれば将来の人件費の高騰を見越して基本財産を厚めに配分することを行政当局に認めてもらって、法人会計の特定資産とすることができるかも知れませんが、難しい問題でしょう。

9608,9609について

岡部様ご解答ありがとうございます。
9608については全くその通りですね。
軽率な発言でした。

9609についてですが、
遊休財産としてで全く構わないのですが、
収支相償の計算別表Ａ（１）の中で、
どのように取り扱っていいのか悩んでいます。

最後の欄に剰余金の扱いとして、
「遊休財産に繰り入れる」
という風にしてよいのでしょうか。

内部留保様　9649に対するコメントです。

計算別表Ａ（１）にて、収支相償の第２段階での余剰金の処理の仕方は申請書において説明されているように対応することとなります。申請書では、ご存知のとおり、
①公益目的保有財産に係る資産取得、改良に充てるための資金に繰入れる。
②公益目的保有財産の取得に充てる。
③翌年度の事業拡大を行うことにより同額程度の損失となるようにする。
の３つが例示されています。③の場合（②の場合も翌年度に取得するようなときは）当該資金は繰越金として遊休財産になると思います。
③の中には対価の引き下げによる剰余金の減少等による対応はふくまれるとは思いますが、単に繰り越します（遊休財産にします）では対応を説明したことにならず、収支相償の第２段階をクリアしていないので、極論をすれば認定取消しの事由になります。
会計処理がどうなるかは、申し訳ありませんが素人で明確に理解できていません。
どなたか有識者が助けていただければありがたいのですが。

9654について

岡部さまありがとうございます。
別表A(1)で剰余金を出すのはよほど大変なことだというのがわかりました。

おとなしく別表C(5)を使って、地道に特定費用準備資金を組み込もうかと思います。

会費収入ではなく、委託収入がベースの法人にはやりくりが大変な仕組みですね。

いつも大変お世話になっております。

今年度中に公益財団法人への移行認定申請を予定している団体です。

当財団は資金ベースの予算書において事業活動収支差額（事業活動収入-事業活動支出）がマイナス約6千万です。前期繰越収支差額が約7千万あるので、最終的には次期繰越収支差額がでる予算を組んでおります。
申請書類は損益ベースとなり、前期繰越収支差額を収入として記載することができないと理解しております。この場合、損益ベースの申請書類では当期正味財産増減額が大変なマイナスになると考えております。
そこで、質問です。上記の理解が正しいでしょうか。
また、上記の理解が正しい場合、何か対策がありましたらご教授いただきたくお願い申し上げます。

株式の配当金のみで運営していますが収益事業はやっていません。２年後には増配かもしれないとのことで収入が通常より大幅に増加するかもと言われている財団です。しかし収支相償上余剰が出たときとりあえずその余剰分を特定の資産取得資金に積み増すことができるでしょうか。認定時には既に減価償却分に匹敵する資産取得資金として積み立てているのを金額変更して余剰分を積み増しするというものなんですが。事情を説明して資産取得資金の積立計画を変更するとした場合認められるでしょうか。

素人経理 さん、9780にお答えします。なお、当方の手違いで大変遅くなりましたことお詫びします。
確かに、損益計算ベースの予算書には前期繰越は出てきませんから赤字予算となります。
このことについては赤字となる理由を説明されれば、特段の問題はないと考えます。申請上だけの対策を特に立てることはかえって良くないと考えます。
もちろん法人の経営努力により改善が可能なら、赤字予算をそもそも組まない方がﾍﾞターではあると思いますが。
赤字予算と経理の健全性の問題について近々、ポイントシリーズでまとめて紹介しますのでご覧ください。

なやみばかりさん、0092（※訂正：0092ではなく、10092です）にお答えします。
移行後の決算において、剰余金が出た場合、特定費用準備資金の活用ができないかまず検討してください。将来の収入の変動に備えて、特定費用準備資金を積み立てることも一定の条件が具備されていれば認めるとしています。（ＦＡＱⅤ－３－④）
次に第２段階の剰余金ならば、公益目的保有財産として金融資産を取得することも場合によっては可能です。（貴法人の場合は収益事業を実施していないので常に第２段階で計算します）ただし、この点認定委事務局では、個別事情を斟酌して個別に判断するとしております。
運用収益は必ず変動するものであり、とくに株式配当率は業績によって著しく変動する場合があり、収入の多寡によらず一定の事業費を確保するために調整金を保有することは、特に助成財団にとっては基本的な必要な経営手法です。
収入はすべて使ってしまう、支出は収入の範囲でという国家等の予算と同じ考え方は間違いです。この点は行政庁も十分理解してくれると思います。
なお、この点は１月１３日付けポイントシリーズ４で説明していますのでご参照ください。

　いつもお世話になっております。以前は当方の質問に丁寧にお答えいただきありがとうございました。また質問させていただきます。もし過去に同じような質問があったらすいません。今回教えていただきたいのは、収支相償における内部取引の取り扱いについてです。
　例えば、公益事業Aと収益事業Bがあり、Aで1,000の仕事を受け委託事業費としてBに500支払った場合、収支予算書内訳表では、公益事業Aには委託費500が計上され、収益事業Bには収入500が計上されます。申請書の様式をみていると最終的には内部取引を控除するようになっているようですが、収支相償の計算においては、内部取引も含めて計算するように思えてきます。実際のところ、内部取引はどのように扱えばよいのでしょうか？収益事業Bに多くの経費が発生する場合、委託費を増額して公益事業Aを赤字とし、収益事業Bが少し黒字になるようにすると収支相償がクリアできてしまうということにもなってしまいます。ご教示よろしくお願いいたします。

こもれび さん、10426にお答えします。
「Aで1,000の仕事を受け委託事業費としてBに500支払った場合」と言われますがその意味が理解できません。
Aで引き受ける1000の事業は公益目的事業ですから、収入の1000も費用の500もAに計上されるべきものと思いますが、
なぜ費用だけ収益事業会計にするのかよくわかりません。
具体的にお教えいただければ、さらに考えてみたいと思います。

いつもお世話になっております。早速のご返答ありがとうございました。また、説明足らずで申し訳ありませんでした。
　具体的に説明させていただきますと、我々は現在公益事業として健診事業を、収益事業として検査事業を申請しようと考えております。実際の運営も健診部門、検査部門と分けて運営しております。具体的な例をあげますと、健診事業では健診を受付ているわけですが、健診にこられた方々の血液等の検査を検査事業に委託しております。ですので、例えば健診事業では、健診料として1,000の収入があった場合、検査委託料として500を検査事業に支払うこととなり、検査事業では検査収入500が計上されます。日常このように取引を行っております。この取引（健診事業が検査事業に支払う500）は内部取引に該当すると思うのです。
　そこで、公益認定申請にあたり、収支予算書内訳書に数字を記入する場合、この内部取引は消去しなければならないと思うのですが、内部取引消去欄が端にあることを考慮すると、各事業欄に記入する数字は内部取引を内包する数字となり、そうなると収支相償も内部取引を内包した数字で行うことになるのだろうか？と悩んでいる次第です。今回の説明でご理解していただけたでしょうか？何度も申し訳ありませんがご教示よろしくお願いします。

こもれび さん、10448にお答えします。
これはあくまで私見ですが、このような場合、実態は検診事業(公益目的事業）に500、検査事業(収益事業）に500の収入があったと考えて、収支相償計算をすることになると思います。もっとも、検診事業の収入1000、費用500と整理しても結果は同じかと思います。

収支相償却に関連し、質問がございます。

今年度の収支予算を組んだ際に事業活動収入の一部を充当し、その事業に必要となる機械の購入（投資活動支出）するという予算を作成いたしました。（収支は均衡）

その事業を損益予算書に組み替えると経常増減額がプラスになり、収支相償の第一段階で見事に引っかかってしまいます。このプラスは現金ではなく、まさに機械の増加分になります。

公益事業を円滑に行なうために必要な機械を買ったにも係わらず、差引きがプラスとして出てきているというその１点だけで、その事業が「公益目的事業」として認められないことは、何回考えても腑に落ちません。

このようなケースが例外的に認められることはやはりありえないのでしょうか？非常に悩ましい問題として頭を抱えているところです。よきアドバイスをいただけれると幸いです。

未熟経理マン さん、10550にお答えします。
違和感を覚えられるのはよくわかりますが、収支相償計算は経常損益で収入と費用を比較することになっています。
したがって固定資産として計上する資産については取得費用ではなく、毎年の減価償却だけが費用に算入されることとなります。
ただ、第１段階で剰余が出ているからと言って、公益目的事業として認められないということではなく、もともと公益目的事業として認められる事業について収支相償計算をするということで剰余が出た場合、遅くとも翌々年度までに使用するなどで収支相償を満たすことも可能です。また、共通収入・費用を合算した第２段階では公益目的事業のための資産購入に充てることで収支相償を充足するとされていますから、かなり柔軟に対応できるのではないでしょうか。